Edhe pse një zonë e vogël dhe mjaft e izoluar, Nikaj-Mërturi përfshin pothuajse diversitetin e plotë të peizazheve dhe ekosistemeve të territoreve veriore malore të Shqipërisë. Për shkak të shtrirjes vertikale të territorit, me mbi 2400 metra, zona përfaqëson një shumëllojshmëri drurësh dhe bimësh.
Më të veçanta janë ato të pyjeve të vjetër të ahut dhe rrobullit të cilat përfaqësohen nga habitati;
91K0 Pyje Ilirike me Fagus sylvatica (Aremonio-Fagion). Ky habitat përbën një nga habitatet më të pastra me ah që ndodhen në vendin tonë për shkak se nuk përzihet me tipe të tjera habitatesh, përjashtuar vetëm kufirin ndarës të tij me rrobullin në lartësitë 1500-1700 m të shpateve të anës së djathtë të rrjedhës së lumit. Përgjithësisht i gjithë masivi i ahut ruhet në gjendjen i tij natyrore. Struktura fitocenologjike e habitatit të ahut është pothuajse e njëjtë me atë të luginës së Gashit, livadhit të Harushës dhe lumit të Tropojës duke u dalluar vetëm në disa shoqërime bimore të cilat nuk hasen në zonat e përshkruara më sipër. Në habitatin e ahut takohen shoqërimet Fagus sylvatica-nudum ose shoqërimet e tij me Sanicula europaea dhe shoqërimet me Oxalis acetosella ose Luzula sylvatica.
Në habitatin pyje Ilirike me Fagus sylvatica (Aremonio-Fagion) hasen këto specie treguese: Acer pseudoplatanus, Populus tremula, Sorbus aucuparia, Rubus ideaus, Rhamnus alpinus, Lonicera alpigena si dhe kati barishtor i tij me Asperula odoratum, Allium ursinum, Anemone nemorosa, Brachypodium pinnatum, Brachypodium sylvaticum, Cardamine enneaphyllos, Fragaria vesca, Hepatica triloba, Lamiastrum galeobdolon, Oxalis acetosella, Luzula sylvatica, Prenanthes purpurea, Oxalis acetosella, Solidago virgaurea etj.
Habitate të tjera në zonë;
3240 Lumenj alpinë dhe bimësia e tyre drunore me Salix elaeagnos.
Përgjatë shtratit të lumit rriten formacione shelgjesh (Salicetum eleagni), të dominuara nga Salix elaeagnos, të cilat janë strehë e insekteve, kryesisht efemeropterë si dhe e species relikte të post akullnajave, Klokëza lulegjatë (Heliosperma macrantha). Trofta e malit (Salmo trutta fario) si edhe disa lloje të tjerë peshqish janë gjithashtu elementë të rëndësishëm të faunës ujore të lumit.
4060 Shqopishte alpine dhe të borealit.
8210 Shpate shkëmbore gëlqerore me vegjetacion hasmofitik.
Shpate shkëmbore gëlqerore me vegjetacion hasmofitik banohen nga Amphoricarpus autariatus, Asperula doerfleri, Campanula albanica, Omalotheca pichleri, Petasites doerfleri dhe Ëulfenia baldaccii etj.
9150 Pyje ahu medio-europiane mbi gëlqerorë të aleancës Cephalanthero-Fagion, përbën një habitat i cili përfshihet në pyjet ilirike të ahut në të cilën dominojnë specie e Brachypodium pinnatum, Carex flacca, Carex montana, Sesleria albicans dhe Cephalanthera rubra dhe Neottia nidus-avis.
Në kufirin ndarës me kullotat alpine, habitati i ahut paraqitet i copëzuar, ku çeltirat kullosore depërtojnë më në brendësi të tijë. Sipërfaqet dhe të çarat shkëmbore, bashkë me bimësinë dhe florën e shtratit lumor ose të faqeve shkëmbore përgjatë tij, përbëjnë habitate të tjera të rëndësishme brenda habitatit me ah në Curraj të Epërm.
Nikaj-Merturi përfaqëson një seri të plotë të peizazheve tipike të alpeve shqiptare, duke përfshirë të gjitha format e peizazheve dhe formave tipike të përdorimit tradicional të tokës.
