Niko Qafoku u diplomua me rezultate të shkëlqyera në Universitetin Bujqësor të Tiranës në vitin 1984 në Fakultetin e Agronomisë (sot Fakulteti i Bujqësisë dhe Mjedisit). Pas Diplomimit u emërua asistent pedagog në katedrën e Tokave dhe Ushqimit Bimor. Ai punoi në këtë Fakultet si pedagog, përgjegjës katedre dhe zv. Dekan për kërkimin deri në vitin 1992. Në vitin 1990 mbrojti Doktoratën (Atëherë Kandidatura e Shkencave) në fushën e të ushqyerit të bimëve.
Në vitin 1994 fiton një Bursë Fulbright dhe Shpërngulet Shtetet e Bashkuara ku vazhdoi studimet njëkohësisht në Doktoratë në Shkencën e tokës dhe master në statistikë, të cilat i mbrojti me sukses në vitin 1998.
Prej vitit 1998, Niko Qafoku punon në Pacific Northwest National Laboratory, një nga institucionet më prestigjioze në botë në fushën e tokës dhe mjedisit. Në këtë institut Niko Qafoku ka arritur nivelin më të lartë të kërkuesit që ka ky institucion (Chief Scientist Level 5) dhe është udhëheqës i një grupi shkencëtarësh në fushën e gjeokimisë. Punimet e tij janë cituar mbi 3100 herë dhe ka një h-indeks prej 33 deh i 10-indeks prej 62. Për punën shkëlqyer të bërë Dr. Qafoku është nderuar me çmime të shumta kudo që ka punuar.
Në Universitetin e Georgias ku edhe kreu studimet PH.D. në vitin 1998 mori çmimin si “Pedagog i shquar”, në vitin 2005, 2007 dhe 2009 merr çmimin për Performancë të lartë të kërkimit në PNNL, në vitin 2009 si zv. kryeredaktor i Soil Science Society of America Journal mori çmimin për ekselencë në citim. Në Institutin ku punon ka marrë tre herë çmimin për Artikullin më të mirë të botuar (2015, 2016, dhe 2019) dhe është nderuar dy here për Kontribut të jashtëzakonshëm (2014 dhe 2016).
Në vitin 2019 Niko Qafoku nderohet me çmimin “Jackson Soil Chemistry and Mineralogy Award, Soil Science Society of America”. Në fjalën e tij për dhënien e këtij Çmimi shumë të rëndësishëm Prof. Hochella, ish president i shoqatës e tha që “Dr Qafoku njihet si një nga eksperimentuesit më të mirë të kolonave të tokës në botë…. “Lidhur me nanoshkencën e tokës, njohuritë e tij janë të rralla dhe të thelluara e bile edhe revolucionare në fushën e tij”, “Janë të paktë shkencëtarët e tokës, kudo në botë, që kanë njohuri kaq të thelluara në nanoshkencë sa Dr. Qafoku.
Po në vitin 2019 për arritjet e tij në punën shumëvjeçare Laboratori ku punon e nderoi me çmimin “Laboratory Fellow” që është çmimi më i lartë që mund të japë ky institucion prestigjioz. Njoftimi thekson gjithashtu se, “PNNL u jep titullin “Laboratory Fellow” ose “Battelle Fellow”, atyre shkencëtarëve kërkues që kanë arritur majat e fushës së tyre, e që kanë fituar njohje ndërkombëtare nga kolegët, por edhe atyre që, njëkohësisht, demonstrojnë vazhdimisht krijimtari dhe prodhimtari të lartë në punën e tyre, në nivelet më të përsosura shkencore të profesionit të vet.
Muajt e fundit Dr. Qafoku është nderuar nga “Shoqata Amerikane e Shkencë së Tokës” me çmimin “Fellow of Soil Science Society of America” që është çmimi më prestigjioz që jep Shoqata e Shkencës së Tokës në ShBA. Ky titull i jepet 0.3% të anëtarëve të kësaj shoqate me rreth 6000 anëtarë. Niko Qafoku është i pari shkencëtar shqiptar që merr një titull të tillë.
Megjithëse është larguar prej gati 30 vitesh Niko Qafoku asnjëherë nuk është shkëputur nga Shqipëria dhe Universiteti ku ai u diplomua. Në vitin 2003 Niko Qafoku themeloi Institutin Alb-Shkenca, institut që bashkon së bashku studiues shqiptarë nga Shqipëria, Kosova, Maqedonia dhe diaspora. Ky institut ka organizuar deri më sot 14 konferenca shkencore ku kanë kontribuar me qindra studiues shqiptarë nga vende të ndryshme të botës dhe njëkohësisht ofron AKTET-Revista shkencore e Institutit Alb-Shkenca(ISSN 2073-2244). Zoti Qafoku ka ardhur disa herë në Universitetin Bujqësor ku ka mbajtur kumtesa dhe leksione si dhe ka marrë pjesë në disa konferenca të organizuara na ana e UBT. Në vitin 2014, Niko Qafoku ka marrë titullin “Profesor” nga Universiteti Bujqësor i Tiranës.
Universiteti Bujqësor i uron Profesor Qafokut Suksese të mëtejshme!